Nordmennene sendte Sondre Sörli i ledelsen, Jan Matoušek utlignet for hjemmelaget, men på tampen av den innledende omgangen slo gjestene til igjen takket være Faris Moumbagna.
Etter pause utlignet Antonín Křapka, men Albert Grönbaek og innbytter Adam Sörensen sikret seier til Bodö/Glimt.
Et av de norske lagene slo ut sine tsjekkiske motstandere i cupen for andre gang på rad, i fjor sommer var heller ikke Sparta nok i andre innledende runde av EKL mot Viking Stavanger.
«Vi spilte en mye bedre kamp enn i Bodö, men resultatet er i hovedsak det samme. Vi hadde muligheten til å score det første målet rett i starten, noe som ville vært avgjørende for å gjøre resultatet av dobbeltspillet litt mer dramatisk. Likevel slapp vi inn en rask kontring etter vårt dumme nederlag, sa Pražany-trener Jaroslav. Veselý.
Spillet startet symbolsk klokken 19:05. Bohemians truet i det fjerde minuttet etter et hjørnespark, men den enslige Křapka klarte ikke å nå headingen til en av lagkameratene foran mål.
Nesten et kvarter etter kampstart ble gjestene også modigere, men Köstl hindret Saltnes i å avslutte med et tidsriktig knips og Bergs kanonskudd fra distanse ble blokkert av keeper Reichl.
Gjestene scoret i det 22. minutt etter en kjapp kontring. Moumbagna fanget oppmerksomheten til to stoppere og matet den fremadstormende Sörli, hvis lave skudd traff bakre stolpe.
Like etter skjøt Beran fra kanten av 16-meteren, men Vršovičtí utlignet i det 26. minutt da Matoušek strakte seg ut foran mål og utnyttet Hálos pasning.
Bohemians scoret sitt første mål i europeiske konkurranser siden 1. oktober 1987, da Pavel Chaloupka scoret mot belgiske Beveren.
Fra da til forrige uke spilte de ikke lenger i cupene, men kom tilbake til cupene etter 36 år takket være en uventet fjerdeplass fra forrige seriesesong.
«Jeg jobbet også bra i de forrige kampene, jeg håndterte bare slike situasjoner dumt. Jeg kunne ha scoret to eller tre mål til hvis jeg hadde omsatt dem, men det er bak meg nå. Jeg trengte denne situasjonen, jeg er glad for det.» «Hális (Hála) scoret et perfekt mål. Jeg tror at målet vil hjelpe meg i ligasesongen og i den nasjonale cupen, sa Matoušek.
Bodö/Glimt tok igjen ledelsen i det 42. minutt. Moumbagna løp mellom Dostál og Křapka og skjøt gjennom den løpende Reichl.
Hjemmelaget utlignet i det 55. minutt: Hals innlegg landet ved bakre stolpe og Křapka driblet ballen forsiktig inn.
De norske serielederne vant igjen i det 78. minutt, Bergs innlegg fra hjørnet headet i nettet av Grönbaek, som også scoret i åpningskampen.
Ti minutter senere gjorde Sörensen sluttresultatet etter nok en straffe fra innbytter Sörensen. Bodö/Glimt vant cupene etter ti bortekamper og møter Pjunik Yerevan i neste doublekamp.
«Jeg vil gjerne takke fansen vår for den gode stemningen. Hvis noen er vinneren av dette dobbelthodet, så er det våre fans, det være seg hva de viste i Norge eller hvordan de reagerte i dag, enten under eller etter kampen. Det er det jeg ville gjort.» Jeg vil også takke Sparta for å ha gitt oss asyl. Tjenesten vi fikk her var på et utmerket nivå, sa Veselý.
